闽侯县公安局现有内设机构16个（指挥中心、政工室、警务保障室、国内安全保卫大队、刑事侦查大队、交警大队、治安管理大队、法制大队、经济犯罪侦查大队、出入境管理大队、禁毒大队、巡特警反恐大队、网络安全保卫大队、审计室（督察大队）、森林警察大队），监管场所2个（看守所、拘留所），派出所16个（青口派出所、祥谦派出所、尚干派出所、南通派出所、竹岐派出所、鸿尾派出所、荆溪派出所、甘蔗派出所、白沙派出所、小箬派出所、大湖派出所、洋里派出所、廷坪派出所、水上派出所、竹岐森林派出所、大坪森林派出所）。

指挥中心：负责接报警的指挥调度工作；负责公安情报信息收集、汇总和研判工作；负责调查研究和起草重要文件工作；负责统计、档案、保密、公文处理工作；负责机要、通信等工作。

政工室：负责队伍管理、人事、教育训练、宣传工作。

警务保障室：负责财务装备、警务保障、科技管理和后勤服务工作。

国内安全保卫大队：（略）。

刑事侦查大队：负责刑事侦查工作；负责刑事科学技术工作。

交通警察大队：负责交通管理工作。

治安管理大队：负责治安管理、户政管理等工作；负责车站、码头、广场、街道及校园周边等社会面的治安管理工作；负责对公共场所、特种行业和枪支、爆炸物品等危险物品的监管，依法对吸毒、卖淫嫖娼、赌博等违法活动进行治理。

法制大队：负责公安法制方面的工作；负责公安看守所、拘留所等监管场所的指导和监督；负责公安信访工作。

经济犯罪侦查大队：负责经济犯罪侦查工作。

出入境管理大队：负责出入境事务管理工作。

禁毒大队：负责禁毒工作；承担县级禁毒委员会的日常工作。

巡特警反恐大队：负责应急处突、巡逻防控和反恐工作。

网络安全保卫大队：（略）。

审计室（督察大队）：负责公安审计、督察工作；负责维护民警合法权益工作。

森林警察大队：负责打击破坏野生动、植物资源违法犯罪，维护森林资源安全；负责森林火灾火场警戒、交通疏导、治安维护、火案侦破。

看守所：负责羁押依法被逮捕、刑事拘留的人员；负责对在押人员进行教育、管理；负责保障侦查、起诉和审判工作的顺利进行。

拘留所：负责被公安机关裁决行政拘留和人民法院裁决司法拘留的人员的看管、教育工作。